在大多数情况下，调用AC_OUTPUT足以在子目录中生成`Makefile’。然而，控制了多于一个 独立包的configure脚本可以使用AC_CONFIG_SUBDIRS来为每个子目录中的其他包运行 configure脚本。

宏： AC_CONFIG_SUBDIRS (dir …)
使得AC_OUTPUT在每个以空格分隔的列表中给出的子目录dir中运行configure。 如果没有发现某个给出的dir，不会作为错误报告，所以一个configure脚本可以配置一个 大的源代码树中出现的任何一个部分。如果在给出的dir中包含了`configure.in’，但没有包含 configure，就使用由AC_CONFIG_AUXDIR找到的Cygnus configure脚本。

用与本configure脚本完全相同的命令行参数调用子目录中的configure脚本，如果需要， 会有较小的修改（例如，为缓冲文件或者源代码目录调整相对路径）。本宏还把输出变量subdirs设置成 目录列表dir...'。Makefile’规则可以使用该变量以确定需要进入那些子目录。 这个宏可以多次调用。