在你的Makefile.in'文件中添加@CFLAGS@’、@CPPFLAGS@'和@LDFLAGS@’， 以便它们可以在configure运行的时候利用环境中的这些变量的值。这样做不是必须的，但对用户来说比较方便。

对于AC_OUTPUT的每个非Makefile'的输入文件，你还应该添加一条含有@configureinput@’的注释， 以便输出文件将会包含一条注释以说明它们是由configure生成的。 自动地为每种人们在ACOUTPUT中输出的文件选择正确的注释语法需要做太多的工作。

把config.log'和config.cache’添加到你要在distclean目标中删除的文件的列表中。

如果你的`Makefile.in’如下：

prefix = /usr/local
exec_prefix = ${prefix}
你必须把它修改成：

prefix = @prefix@
exec_prefix = @exec_prefix@
不使用`@’字符的老式的对这些变量的替换行为已经被删除了。